벌써 2026년 1월 연말정산 시즌이 돌아왔네요. 작년에 시험관이나 인공수정을 진행하셨던 분들이라면 난임시술비 연말정산 혜택을 놓치지 않는 게 정말 중요해요. 일반 의료비는 15%만 공제되지만, 난임 치료와 관련된 비용은 30%나 돌려받을 수 있어 환급액 차이가 꽤 크거든요. 어떻게 서류를 준비하고 신청해야 하는지 차근차근 설명해 드릴게요.

왜 난임시술비 연말정산 서류를 따로 챙겨야 하나요
가장 큰 이유는 국세청 홈택스 간소화 서비스에서 난임 치료비가 자동으로 분류되지 않기 때문이에요. 시스템상으로는 일반 병원비와 똑같이 표시되어서, 그대로 제출하면 15% 공제만 적용받게 되더라고요.
- 공제율의 차이: 일반 의료비 15% vs 난임시술비 30%
- 공제 한도의 차이: 일반 의료비는 연 700만 원 한도지만 난임은 한도 없이 전액 공제 가능
- 자동 분류 불가: 본인이 직접 난임 항목으로 구분해서 신청해야 혜택을 온전히 누릴 수 있음
저도 처음에는 알아서 다 되는 줄 알았는데, 직접 서류를 제출하지 않으면 세무서에서는 이게 감기 치료비인지 시험관 시술비인지 알 방법이 없다고 하네요. 조금 번거롭더라도 챙기는 만큼 지갑이 두둑해진답니다.
일반 의료비와 난임 치료비 공제 혜택 차이점
두 항목은 적용되는 기준부터가 확연히 달라요. 일반 의료비는 총급여의 3%를 초과하는 금액에 대해서만 혜택을 주는데, 난임 치료비 역시 3% 초과분부터 적용되는 건 같지만 비율이 두 배나 높아요.
예를 들어 총급여가 5,000만 원인 직장인이 의료비로 500만 원을 썼다고 가정해 볼게요. 3%인 150만 원을 뺀 나머지 350만 원이 공제 대상이 되는데요. 이때 일반으로 신청하면 52만 원 정도를 돌려받지만, 난임으로 제대로 신청하면 105만 원을 환급받게 돼요. 앉은 자리에서 50만 원 넘게 차이가 나는 셈이죠. 특히 시술비는 금액대가 크다 보니 한도 제한이 없는 난임 항목의 장점이 더 크게 다가오더라고요.

병원과 약국에서 필요한 전용 서류 발급받는 법
신청을 위해서는 전용 증빙 서류가 꼭 필요해요. 평소에 받던 일반 진료비 영수증과는 양식이 다르니 방문 전에 미리 확인하시는 게 좋아요.
- 병원: 난임시술비 납입확인서 발급 요청 (연말정산용이라고 말하면 따로 뽑아주세요)
- 약국: 난임 관련 약제비 영수증 (영수증에 ‘난임’ 문구가 반드시 포함되어야 함)
- 준비물: 본인 및 배우자 신분증 (대리 발급 시 필요)
약국에서도 처방전 기반으로 난임 항목이 표기된 영수증을 받아야 하니 잊지 말고 꼭 들르세요. 서류에 ‘난임’이라는 글자가 명확히 적혀 있어야 나중에 회사나 국세청에서 반려당하지 않아요.

홈택스 간소화 서비스 이용 시 주의할 점은 무엇인가요
홈택스에서 자료를 내려받을 때 그냥 전체 선택으로 받으면 안 돼요. 난임 시술에 쓴 비용만큼은 일반 의료비 항목에서 체크를 해제하고 나머지 금액만 PDF로 저장해야 합니다.
- 홈택스 의료비 내역에서 난임 관련 병원/약국 내역을 찾아 체크 해제하기
- 해당 금액을 제외한 나머지 의료비 자료만 PDF로 내려받기
- 제외했던 난임 비용은 나중에 회사 시스템에서 ‘난임’ 항목으로 직접 입력하기
이렇게 분리 작업을 거치지 않고 중복으로 넣으면 나중에 과다 공제로 문제가 생길 수 있어요. 조금 복잡해 보이지만, 내가 쓴 돈의 성격을 명확히 나눠주는 과정이라고 생각하시면 마음이 편하실 거예요.
직장인 맞춤형 난임시술비 연말정산 신청 단계별 가이드
이제 회사 시스템에 입력하는 실전 단계예요. 대부분의 회사 연말정산 프로그램은 구조가 비슷하니 아래 순서대로 따라 해 보시면 금방 끝내실 수 있을 거예요.
- 의료비 입력 탭에서 ‘난임’ 선택하기
- 병원명이나 약국명 같은 지급처와 사업자 번호 기입하기 (영수증에 적혀 있어요)
- 실제 지출한 금액을 정확하게 적기
- 미리 준비한 병원 납입확인서와 약제비 영수증 PDF 파일을 증빙서류로 업로드하기
지급처 정보를 적을 때 사업자 번호를 틀리는 경우가 종종 있는데, 병원 영수증 상단에 있는 번호를 그대로 옮겨 적으시면 돼요. 증빙 코드는 의료비나 약제비로 설정하면 되고, 기타 증빙 자료로 첨부하면 마무리됩니다. 저 같은 경우 이렇게 직접 입력했더니 작년보다 환급액이 33만 원이나 늘어났더라고요.

맞벌이 부부라면 누가 신청하는 게 더 유리할까요
의료비와 난임시술비는 한 사람에게 몰아주는 것이 가능한데, 보통 연봉이 낮은 쪽으로 몰아주는 게 유리한 경우가 많아요. 총급여의 3%라는 문턱 때문인데요. 연봉이 낮을수록 그 3%에 해당하는 금액이 작아지기 때문에, 더 빨리 공제 구간에 진입할 수 있기 때문이죠.
- 예시 1: 연봉 5,000만 원일 때 3% 문턱은 150만 원
- 예시 2: 연봉 3,000만 원일 때 3% 문턱은 90만 원
만약 두 사람의 소득 차이가 크다면, 문턱이 낮은 배우자 쪽으로 의료비를 몰아서 30% 공제 혜택을 극대화하는 전략을 추천드려요. 물론 각자의 결정세액이 얼마나 남았는지에 따라 달라질 수 있으니, 회사 내 시뮬레이션 프로그램을 통해 미리 계산해 보는 것도 좋은 방법이에요.

마무리
난임시술비 연말정산 과정이 일반적인 경우보다 손이 많이 가는 건 사실이에요. 하지만 직접 서류를 떼고 수동으로 입력하는 수고로움 덕분에 30%라는 큰 혜택을 챙길 수 있다는 점을 잊지 마세요. 13월의 월급이라고 불리는 만큼, 꼼꼼하게 챙겨서 고생하신 만큼의 보상을 꼭 환급액으로 돌려받으셨으면 좋겠어요. 이번 정산 잘 마무리하시고 따뜻하고 기분 좋은 소식 가득한 한 해 보내시길 응원하겠습니다.
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